构建国家科研创新体系（1998 年至今）
科技体制改革是一个不断调整、持续深化的过程，不可能一蹴而就。严格来说，至今科技体制仍处于改革的进程之中，但与前一时期相比，其背景因素、指导思想、目标等又有所不同。20 世纪末以来，创新是命运所系、大势所趋、形势所迫。科学探索在各个尺度上向纵深拓展，国际产业分工、世界竞争格局面临重新调整，世界正处在科技创新突破和新一轮科技革命的前夜，创新成为许多国家的核心科技战略。然而，我国国家创新体系整体效能还不强，创新资源存在问题，缺乏原创性成就，关键技术受制于人，科技储备亟待加强。
党的十八大以来，以习近平新时代中国特色社会主义思想为行动指南，科技体制改革的指导思想从科教兴国战略，转至创新驱动发展战略；目标从加强国家创新体系建设，转至构建中国特色国家创新体系。
以中科院“知识创新工程”的实施为标志，开始构建国家科研创新体系。知识经济的到来，科技的竞争、国家的竞争，也是创新的竞争。1997 年，中科院在前期改革的基础上，分析了知识经济发展态势及其对中国的挑战，提出建设面向 21 世纪的中国国家创新体系的思路。第二年，国家科技教育领导小组原则通过了《中国科学院关于开展知识创新工程试点的汇报提纲》，部署我国面向 21 世纪新的创新体系的建设。中科院作为全国知识创新整体工程的一个组成部分，实施“知识创新工程”试点工作。此项工程坚持把为国民经济和社会发展解决重大科技问题，与探索科学前沿、攀登科学高峰结合起来，只是“标准更高了，要求更高了，水平和层次更高了”。2007 年，中科院进一步提出“创新 2020”发展体系和“三位一体”的发展构架，“知识创新工程”进入到新的阶段。在实施“知识创新工程”过程中，中科院在科技布局、人事制度、资源配置模式、科技评价与奖励制度等方面进行了深层次改革，创新能力大幅提升，带动我国科技体制改革进入建设国家创新体系的新阶段。
党的十八大以来形成新时期跨越式发展的科技战略体系。2013 年 7 月，习近平总书记视察中科院并发表重要讲话，要求中科院“率先实现科学技术跨越发展，率先建成国家创新人才高地，率先建成国家高水平科技智库，率先建设国际一流科研机构”（简称“四个率先”）。“四个率先”为中科院新时期改革创新发展指明了方向。在此基础上，中科院研究制定了《中国科学院“率先行动”计划暨全面深化改革纲要》。“率先行动”计划是“创新 2020”的延伸和发展，着眼于国家“两个一百年”的战略目标，开启率先跨越、引领创新的新征程。2015 年，中科院调整确立了“三个面向”和“四个率先”的新时期办院方针。据此，中科院改革院机关科研管理体系，构建院所两级“一三五”规划体系，推进创设四类新型科研机构的研究所分类改革。通过国家科技创新基地和平台的建设，加强科技基础条件保障能力，提升自主创新能力。主要包括完善国家重点实验室体系、建设国家工程技术研究中心和国家工程实验室、组建综合性大科学中心、建设国家临床医学研究中心等举措。此外，国家陆续出台相关政策，引导高校、地方、行业与企业的科技体制改革。中国更具创新活力的新型科研体系正在形成。
以《国家创新驱动发展战略纲要》（以下简称《纲要》）与《深化科技体制改革实施方案》（以下简称《方案》）的颁布为标志，当前正在开启全面推动中国发展的创新型国家建设。《纲要》是新时期推进创新工作的纲领性文件，是建设创新型国家的行动指南。《纲要》提出“坚持科技体制改革和经济社会领域改革同步发力”，继承并深化了前期改革时解决“两张皮”的策略。《纲要》“强调科技创新是提高社会生产力和综合国力的战略支撑，必须摆在国家发展全局的核心位置”，给予科技创新前所未有的高度。《方案》旨在形成系统、全面、可持续的改革部署和工作格局，激发科技第一生产力、创新第一动力的巨大潜能。《方案》提出建立技术创新市场导向机制，构建更加高效的科研体系，改革人才培养、评价和激励机制，健全促进科技成果转化的机制，建立健全科技和金融结合机制，构建统筹协调的创新治理机制，推动形成深度融合的开放创新局面，营造激励创新的良好生态，推动区域创新改革等，共 10 项 143 条举措。
深化科技体制改革是全面深化改革的重要内容，是实施创新驱动发展战略、建设创新型国家的根本要求。党的十八大以来，以“中国天眼”“悟空号”“墨子号”以及“神舟十一号”和“天宫二号”交会对接等成果为代表，中国科技在一些重大创新领域践行“跟踪为主”到“并跑”“领跑”的转变。值得欣慰的是，改革开放 40 年来，各类企业尤其是民营科技实体的研发能力快速增强，已经成长为中国科技体系中的重要力量。中国新一轮的科技体制改革，将推进国家科研创新体系的构建，影响全球创新竞争的格局。