立足前期研究，亟待破解关键问题
综上所述，国内外学者从自然资源管理的基本理论、管理制度和体制等方面进行了深入研究，提出了可资借鉴的经验，为深化我国的自然资源资产管理体制研究奠定了基础。但是，在目前由自然资源部统一行使两项基本职责的体制下，有以下 3 个方面的关键问题亟待破题：①全民所有自然资源资产所有者的基本职责有哪些，与自然资源监管者的职责如何协调；②自然资源资产产权体系如何完善，全民所有自然资源资产分级行使所有权的资源清单如何编制；③中央与地方的责权利如何对等，统一的全民所有自然资源资产信息化管理系统如何构建。这些问题能否得到有效解决，在很大程度上决定了全民所有自然资源资产管理体制改革的成败。
突出问题
自然资源资产的产权内容不够完善，产权制度有待健全
全民所有自然资源资产产权主客体与权利内容不够明确，造成所有者被虚置弱化。我国《宪法》明确规定自然资源属于国家所有（法律规定属于集体所有的除外），国家作为全民所有自然资源资产产权主体，应当享有占有、使用、收益和处分的权利。但在实际操作过程中事实上存在代理制，国家的所有权是通过各级地方人民政府的自然资源主管部门来实现。另外，我国现行法律未对不同层级的政府如何行使全民所有自然资源资产所有权做出明确规定，造成国家的产权主体地位不明确，国家的所有权被虚置弱化。
全民所有自然资源资产产权主体不健全，导致权益保护不严格。目前，全民所有自然资源资产主要由地方人民政府代理行使所有权，国家所有权的大部分收益归地方所有，如水资源使用费除北京等南水北调受水区外，90% 归地方支配，国家作为全民所有者的地位没有得到充分体现。全民所有自然资源资产产权内容不完整，对土地使用权到期如何续期等问题，没有得到根本解决，影响到自然资源资产保护。全民所有自然资源资产产权权利保护不充分，对于不顾资源环境承载力、违背自然规律、盲目决策造成的生态破坏问题，缺少最严厉的责任追究机制和赔偿机制。