中央与地方的事权财权不够对等，责权利关系有待优化
地方的财权与事权不对等，直接影响了全民所有自然资源资产保护。1994 年以来，中央与地方财政收入与支出责任不匹配的现象较为突出。
在全国一般公共预算总收入中，中央的占比呈增加趋势，而地方占比呈减少趋势。2017 年，中央与地方的一般公共预算收入分别为 81 119 亿元和 91 448 亿元，占全国一般公共预算总收入的比重分别为 47% 和 53%，与 1997 年相比，中央的占比增加了 25 个百分点，而地方的占比则减少了 25 个百分点。从 2017 年我国财政支出来看，中央的占比为 14.7%，与 1997 年相比，财政支出责任降低了 12 个百分点；而地方的占比为 85.3%，与 1997 年相比，财政支出责任提高了 12 个百分点。这表明，地方财政收入与事权支出不匹配的问题越来越严重，势必影响到全民所有自然资源资产的保护。
中央与地方之间的事权边界模糊。对于自然资源调查、规划和自然保护区、天然林保护等事权，地方政府承担的财政支出比重过大，为获取自然资源资产的经济价值，生态保护让路于资源开发的现象时有发生。对于自然资源资产的行政许可，中央审批权限大，甚至存在以审批代替监管的现象，在一定程度影响了地方的积极性。资产收益分配不合理，很多地区的全民所有自然资源资产管理仍然沿袭传统的“谁开发、谁所有、谁受益”原则，导致了无偿、低价、过度、无序开发的乱象，资产收益在中央与地方、企业与资产所在地之间的分配不合理，收益分配机制亟待完善。
自然资源资产管理标准缺少衔接，统一的资产管理技术体系尚未形成
我国自然资源资产管理的信息化系统相对独立。自然资源部组建之前，土地、矿产、水、林、草等自然资源资产的管理分散在国土、水利、林业和农业等部门，虽然建立了土地市场动态监测与监管系统、水权交易平台等信息化的资产管理载体，但各系统建设具有相对独立性，系统之间缺少关联性，数据之间缺少共享，资产“家底”不清。适应自然资源资产统一管理的现实需要，整合土地、矿产、水资源、林草、滩涂、海域和海岛等资产管理系统，形成以自然资源资产云为基础、以大数据为手段的技术管理体系改革尚未取得实质性进展。
我国自然资源资产的分类标准不统一，自然资源资产的边界不够清晰，林草重叠的现象比较突出。例如，陕西省延安市林业部门提供的林地面积比国土部门提供的数据多 39%，内蒙古自治区草地和林地重叠面积高达 3.6 亿亩。由于认定标准不统一，加之部门利益驱使，分头确权发证，出现“一地两证”的现象，造成农牧民同时领取草原奖补和公益林补助，也给土地的确权登记带来了困扰。
我国自然资源资产规划与用途管制缺少衔接，甚至发生冲突。目前，我国 400 多个国家级自然保护区内探矿权、采矿权的设置数量超过 5 000 个，平均每个国家级自然保护区内设置的矿业权数量超过 10 个。某些自然保护区长期大规模违法违规探矿、采矿，搞水电建设，有的甚至搞地产开发，造成保护区内植被破坏、水土流失、水源污染和地表塌陷等严重的生态环境问题。